أوصى أن ينقل جثمانه إلى كربلاء ليدفن إلى جنب الإمام الحسين. دفن في بغداد أولا، ثم نقل جثمانه بعد ذلك ليدفن بالقرب من مرقد الإمام الحسين في كربلاء، وهذا من موارد الاستثناء من نبش قبر المؤمن أنه إذا أوصى أن ينقل إلى مكان أفضل وأحسن باعتبار أنه لايجوز النبش إلا في موارد معينة يذكرها الفقهاء هذا واحد منها. نقل إلى كربلاء لأن هناك الملاذ والملجأ، يقول الشاعر في حق أمير المؤمنين: إِذا مُتُّ فَادْفِنِّي إِلى جَنْبِ حَيْدَرٍ أَبِي شُبَّرٍ أَكْرِمْ بِهِ وَشُبَيْرِ فَلَسْتُ أَخافُ النَّارَ عِنْدَ جِوارِه وَلا أَتَّقِي مِنْ مُنْكَرٍ وَنَكِيرِ فَعارعَلى حامِي الحِمى وَهُو فِي الحِمى إِذا ضَلَّ فِي البِيْداءِ عِقالُ بَعِيرِ هؤلاء حماة كرام بهم يلجأ المستجير في الشدائد ، وإن كان في أمير المؤمنين مثال لذلك،فهو
ثابت ومتجسد في الحسين. الشريف المرتضى مدفون بجوار الحسين ليس في نفس الضريح وإنما في الخارج تحديدا على الجهة اليمنى عند الدخول.
